石垣島の西方約20kmに位置する西表島では、西表島交通により路線バスが運行されています。バスは安全な場所であれば、バス停以外でも乗り降りできます。また路線バスが全区間乗り放題のフリーパスを1日券1000円、3日券1500円で販売しています。
石垣島から120km、沖縄本島から500km以上離れた日本最西端の島、与那国島では、与那国町による無料巡回バスが運行されています。バスのルート上であればどこでも乗り降りできます。